로마자 표기법은 표준 발음을 따라 적는 것이 원칙이지만, 예외도 있으므로 두 가지 경우를 구분해야 한다.
자음 사이에서 동화(소리 닮기)가 일어나는 경우에는 소리대로 적는다. ‘백마’의 발음은 [뱅마]이므로 ‘Baekma’가 아닌 ‘Baengma’로 적는다. 신문로[신문노]-Sinminno, 왕십리[왕심니]-Wangsimni, 별내[별래]-Byeollae, 신라[실라]-Silla. ‘ㄴ’이나 ‘ㄹ’이 덧나거나 구개음화가 되는 경우에도 소리대로 적는다. 학여울[항녀울]-Hangnyeoul, 알약[알략]-allyak, 해돋이[해도지]-haedoji.
격음화(거센소리되기)도 소리대로 적는 것이 원칙이다. 좋고[조코]-joko, 놓다[노타]-nota. 단 체언에서 ‘ㄱ, ㄷ, ㅂ’ 뒤에 ‘ㅎ’이 따를 때는 ‘ㅎ(h)’을 밝혀 적어야 한다. 묵호[무코]-Mukho, 집현전[지편전]-jiphyeinjeon.
경음화(된소리되기)는 로마자 표기에 반영하지 않는다. ‘팔당’은 [팔땅]으로 소리 나지만 ‘Palttang’으로 적지 않고 ‘Paldang’으로 적는다는 뜻이다. 경음화를 반영하면 ‘pkk, ltt, kss’와 같이 좀처럼 이어 나기 힘든 자음 셋이 나란히 적히게 되어 도리어 가독성이 떨어지기 때문이다. 합정[합쩡]-Hapjeong, 울산[울싼]-Ulsan.
‘jungang’은 어디서 끊어 읽느냐에 따라 ‘준강’이 될 수도 있고 ‘중앙’이 될 수도 있다. 이처럼 쓰는 사람의 의도와 달리 읽힐 수 있는 경우에는 음절 사이에 붙임표(-)를 쓰는 것을 허용한다. ‘준강’이라면 ‘jun-gang’과 같이 써서 ‘중앙’으로 읽히지 않게 할 수 있다는 것이다. 물론 붙임표를 쓰지 않아도 틀리는 것은 아니다.